1995年，被認為是GHIBLI的實驗劇場的《OnYourMark》、由恰克與飛鳥的歌曲制作的短篇作品在“SuperBest3”放映。講述了在被放射能污染的世界，兩個青年把有翅膀的少女送上藍天的故事。但宮崎駿想要表現(xiàn)的并不是“拯救”，而是“自己的希望”，這是最能觸動人心的東西。

2001年，《千與千尋》上映。該作再次拿下總票房第一，超過300億日元的票房創(chuàng)造了歷史。而此時，日本動畫的年度經(jīng)濟總額才5000億日元，而一般年度票房首位的作品往往不到30億。強大的宣傳攻勢，甚至動用到了首相來為首映捧場。宮崎駿的成功開始得到國際的承認，作品得到奧斯卡、威尼斯、柏林等國際電影獎項。

2002年新手接手的《貓的報恩》的票房的不如意，讓宮崎導演再次出手。2004年《哈爾的移動城堡》的票房估計接近《幽靈公主》，但無法達到千與千尋的程度。2008年《懸崖上的金魚公主》上映，獲得廣大好評。故事圍繞一個5歲的男孩宗介與想要成為人類的金魚公主“波妞”，宮崎駿說這個想法是從丹麥作家安徒生的著名童話故事《美人魚》中得到的靈感。經(jīng)過種種世事之后，他在全球動畫界無可替代的地位再一次得到了肯定和承認。

2025年7月，宣布復出?！凹妨ぷ魇摇弊C實宮崎駿在制作短篇動畫《毛毛蟲波蘿》。宮崎駿會在日本沖繩島打造一座生態(tài)體驗館，預計于2025年4月開工，2025年完工。2025年10月，宮崎駿的復出之作《你想活出怎樣的人生》正式曝光。

2026年01月16日，第70屆威尼斯國際電影節(jié)主競賽單元入圍影片《起風了》在麗都島舉行了首映儀式，該片配音演員瀧本美織以及宮崎駿吉卜力工作室主席星野康二出席了新聞發(fā)布會，導演宮崎駿先生因為身體抱恙，并未親自出席。