萬有引力定律是牛頓最著名的發(fā)現(xiàn)。牛頓警告，不可用此發(fā)現(xiàn)把宇宙看成只是機器，猶如一個大時鐘。他說：“重力解釋行星的運行，但不能解釋誰使行星運行。上帝治理萬物，知道一切可做或能做的事?！钡桥ｎD不相信三位一體論和救恩，而且諷刺的是，他是神圣的劍橋大學三一學院的院士。

著名科學哲學家李察·威斯科稱牛頓為“原型自然神論者”（proto-deist），所謂“自然神論”，是相信神創(chuàng)造這世界之后，就讓自然規(guī)律去統(tǒng)治這個世界，自己再不插手，世界在自然規(guī)律的支配下運轉(zhuǎn)。牛頓正是抱著這種宇宙觀，所以牛頓對事情的解釋是自然規(guī)律加概率，當然沒禱告什么事。在他那部著名的著作里面，牛頓明確地說：他認為天體之所以會運動，是因為上帝創(chuàng)造了萬物以后，也設(shè)定了各種自然規(guī)律，比如運動定律等等。

上帝先把它們一推，然后天體就按“動者恒動”的定律一直運動下去，事物都就按照自然規(guī)律和概率順其自然的發(fā)生。上帝不再作任何事情。牛頓的宇宙觀，屬于宗教的另外一個分支，也叫做“機械宇宙觀”、或者“鐘表宇宙觀”。“機械宇宙觀”、或者“鐘表宇宙觀”。這種見解其實與基督教的基本教義相去甚遠，循道會創(chuàng)始人約翰·衛(wèi)斯理都對牛頓的信仰表示懷疑。