1673年三月，以尚可喜請求歸老遼東，但請求留其子之信繼續(xù)鎮(zhèn)守廣東為引線，引發(fā)了是否撤藩的激烈爭論。最后康熙帝認(rèn)為“藩鎮(zhèn)久握重兵，勢成尾大，非國家利”，決定下令“撤藩”。十一月，吳三桂在云南發(fā)動叛亂，提出反清復(fù)明，并于次年派將率軍進(jìn)攻湖南，攻陷常德、長沙、岳州、澧州、衡州等地。他又派人四出散布檄文，聲討清朝。廣西將軍孫延齡、四川巡撫羅森等許多地方大員紛紛反清。

接著，福建耿精忠亦反。在短短數(shù)月之內(nèi)，滇、黔、湘、桂、閩、川六省收復(fù)，一時間清帝國危在旦夕。隨后，陜西提督王輔臣、廣東尚之信等也相繼反叛，叛亂擴(kuò)大到廣東、江西和陜西、甘肅等省。1676年（康熙十五年）十月，福建耿精忠在清軍進(jìn)攻下，被迫投降。廣東的尚之信也于1677年投降。閩、粵以及江西都先后陷落。1678年八月，吳三桂死，其部將迎立其孫吳世璠繼位，退居云貴。此后，清軍先后收復(fù)湖南、廣西和四川。1681年，清軍攻破昆明，吳世璠自殺。

康熙平定準(zhǔn)噶爾叛亂：

清初，西北方居住的蒙古分為漠南蒙古、漠北喀爾喀蒙古和漠西厄魯特蒙古三大部。漠北喀爾喀蒙古內(nèi)部又分為扎薩克圖、土謝圖、車臣等三部漠西厄魯特蒙古內(nèi)部又分為準(zhǔn)噶爾、和碩特、杜爾伯特、土爾扈特四部。清軍入關(guān)之前，漠南蒙古就已歸附大清，喀爾喀蒙古和厄魯特蒙古各部，也與清政府關(guān)系密切。