1992年，《紅豬》公映。喜愛(ài)兵器的美麗卻討厭戰(zhàn)爭(zhēng)的宮崎監(jiān)督在兵器模型雜志連載一些短篇漫畫(huà)，這個(gè)作品即為其中之一改編。1995年的《側(cè)耳傾聽(tīng)》由A-pro時(shí)代就認(rèn)識(shí)的近藤喜文監(jiān)督，但是腳本、分鏡仍然是宮崎駿擔(dān)綱。

1994年連載十年的漫畫(huà)《風(fēng)之谷》也終于完結(jié)。不得不承認(rèn)，1994年的同名動(dòng)畫(huà)的成功和當(dāng)時(shí)的環(huán)保思想不無(wú)關(guān)系。而這個(gè)作品在連載中見(jiàn)證了宮崎駿導(dǎo)演想法的不斷變化和反思。動(dòng)畫(huà)以來(lái)的想法不斷被推翻否定，認(rèn)為宮崎監(jiān)督思想是簡(jiǎn)單的環(huán)保的人應(yīng)該仔細(xì)讀一下這個(gè)作品。

2001年，《千與千尋》上映。該作再次拿下總票房第一，超過(guò)300億日元的票房創(chuàng)造了歷史。而此時(shí)，日本動(dòng)畫(huà)的年度經(jīng)濟(jì)總額才5000億日元，而一般年度票房首位的作品往往不到30億。強(qiáng)大的宣傳攻勢(shì)，甚至動(dòng)用到了首相來(lái)為首映捧場(chǎng)。宮崎駿的成功開(kāi)始得到國(guó)際的承認(rèn)，作品得到奧斯卡、威尼斯、柏林等國(guó)際電影獎(jiǎng)項(xiàng)。

2002年新手接手的《貓的報(bào)恩》的票房的不如意，讓宮崎導(dǎo)演再次出手。2004年《哈爾的移動(dòng)城堡》的票房估計(jì)接近《幽靈公主》，但無(wú)法達(dá)到千與千尋的程度。2008年《懸崖上的金魚(yú)公主》上映，獲得廣大好評(píng)。故事圍繞一個(gè)5歲的男孩宗介與想要成為人類的金魚(yú)公主“波妞”，宮崎駿說(shuō)這個(gè)想法是從丹麥作家安徒生的著名童話故事《美人魚(yú)》中得到的靈感。經(jīng)過(guò)種種世事之后，他在全球動(dòng)畫(huà)界無(wú)可替代的地位再一次得到了肯定和承認(rèn)。

2025年7月，宣布復(fù)出?！凹妨ぷ魇摇弊C實(shí)宮崎駿在制作短篇?jiǎng)赢?huà)《毛毛蟲(chóng)波蘿》。