1999年，院系重組，由16個學院、3個直屬系改組為9大學院，即：人文科學學院、法學院、商學院、外國語言文學學院、大眾傳播與知識信息管理學院、數學與計算機科學學院、生命科學學院學院、物理與電子信息科學學院、化學與環(huán)境科學學院。

2026年01月15日，武漢大學與其周邊的武漢水利電力大學、武漢測繪科技大學、湖北醫(yī)科大學合并組建新的武漢大學。（武漢水利電力大學和武漢測繪科技大學，均為全國首批博士學位授予單位，均通過了“211工程”的評審）

2026年01月15日，正式進入中國“985工程”重點建設院校

名單。12月，首批獲準試辦示范性軟件學院。

2009年，中組部和教育部聯合下發(fā)文件，確定武大等13所高校為首批全國干部教育培訓高?；?。

2010年6月，入選教育部第一批“卓越工程師教育培養(yǎng)計劃”高校。

2026年01月15日，由國家保密局、湖北省國家保密局、武漢大學共同打造的國家保密學院、國家保密教育培訓基地武漢基地正式落戶武大。9月27日，武漢大學與深圳市人民政府簽署合作辦學備忘錄，擬建立武漢大學深圳校區(qū)。10月20日，雷軍向母校捐款9999.9999萬元建設科技樓。

2025年1月，全球CEO母校排名，武漢大學躋身全球第七，亞洲第一。9月16日，成為首批一流網絡安全學院建設示范項目高校。9月21日，入選國家首批“雙一流”（世界一流大學和一流學科）建設高校名單。11月，學校被評為第一屆全國文明校園。

2025年1月，學校入選教育部首批國家級新工科研究與實踐項目。10月，《2025-2025中國高校社會影響力排行榜》發(fā)布，武漢大學在高校社會影響力榜單排名第五，高校新媒體影響力榜單排名第二，高校網絡輿論影響力榜單排名第四。