1644年，明思宗朱由檢殉國(guó)后，同年五月朱由崧被四鎮(zhèn)擁立于南京，改元“弘光”，建立南明政權(quán)。1645年，清軍兵臨江南，攻陷南京后遂即廢除國(guó)都地位，改應(yīng)天府為江寧府，成為江南省省府。南京成為統(tǒng)轄今江蘇（含上海）、安徽和江西三省軍民政務(wù)的兩江總督都署駐地。在經(jīng)濟(jì)方面南京也具有相當(dāng)?shù)闹匾?，在南京設(shè)立的規(guī)模龐大的江寧織造府，生產(chǎn)絲織品以供應(yīng)皇家需求。

南京與鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)《南京條約》

1842年鴉片戰(zhàn)爭(zhēng)戰(zhàn)敗后，同年8月清政府在南京下關(guān)江面的英國(guó)軍艦“康華麗”號(hào)上簽訂中國(guó)近代史上第一個(gè)不平等條約《南京條約》，中國(guó)近代史由此開(kāi)始。1853年太平軍攻克南京，建立太平天國(guó)，改稱(chēng)天京，建都11年。這是中國(guó)歷史上第一次在南方興起而波及全中國(guó)的農(nóng)民戰(zhàn)爭(zhēng)，也是世界歷史上規(guī)?？涨暗囊淮无r(nóng)民戰(zhàn)爭(zhēng)。

國(guó)民政府定都南京

1911年12月29日，起義的17省代表在南京選舉孫中山為臨時(shí)大總統(tǒng)，中華民國(guó)建立。1912年元旦，中華民國(guó)臨時(shí)政府在南京成立，孫中山宣誓就任臨時(shí)大總統(tǒng)。1927年3月24日，國(guó)民革命軍北伐攻克南京。4月18日在成立南京國(guó)民政府，定南京為首都，同年置南京特別市。1930年改為院轄市（直轄市）。

1927年至1937年定都南京的這十年被稱(chēng)作中國(guó)的“黃金十年”，期間南京進(jìn)行大規(guī)模的首都建設(shè)，奠定了南京現(xiàn)代城市發(fā)展的良好基礎(chǔ)。到1937年，南京城市人口增加到100萬(wàn)以上，為中國(guó)六大城市之一。