馬占山在極端困難的情況下，趕赴綏遠(yuǎn)、大同，把隊(duì)伍組建起來。之后，配合傅作義抗日，積極參加了綏遠(yuǎn)保衛(wèi)戰(zhàn)、陰山血戰(zhàn)。

1938年8月下旬，馬占山訪問延安。在延安各界盛大歡迎晚會(huì)上，毛澤東主席致歡迎辭說：“八年之前紅軍已與馬將軍成為抗日同志”、“馬將軍年逾半百，仍在抗戰(zhàn)前線與敵周旋，這種精神值得全國(guó)欽佩”。

1940年5月3日，國(guó)民政府委任馬占山為黑龍江省政府主席，后被選為國(guó)民黨中央候補(bǔ)執(zhí)行委員。

六、晚年生活

1945年抗日戰(zhàn)爭(zhēng)勝利后，馬占山又被任為東北行營(yíng)政治委員會(huì)委員。9月初，他受蔣介石之命，率部配合傅作義部進(jìn)犯綏東和察西等解放區(qū)。

不料，他的部隊(duì)渡過黃河，第一次與共產(chǎn)黨領(lǐng)導(dǎo)的軍隊(duì)打仗，就在平綏路柴溝堡一帶被打得大敗。不久，就稱病避居北平。

1946年10月，他被調(diào)任東北副司令長(zhǎng)官，但他仍在北平養(yǎng)病，未去就職。1947年4月17日，馬占山到達(dá)沈陽(yáng)。20日，在市府廣場(chǎng)召開的歡迎大會(huì)上，他接受各界贈(zèng)給他的抗日“民族英雄”大錦旗一面。

在職期間，他深感自己這個(gè)掛名副司令，連動(dòng)一兵一卒的實(shí)權(quán)都沒有。另外，他認(rèn)為大勢(shì)已去，蔣介石必?cái)?，于是以治病為名，?948年10月下旬，乘機(jī)飛往北平。

1948年底，馬占山響應(yīng)共產(chǎn)黨號(hào)召，參與和平解放北平的活動(dòng)。中共北平地下黨通過馬占山邀請(qǐng)鄧寶珊去北平，勸告傅作義放下武器，接受和平。