洪武十六年，朱元璋為紀(jì)念龍興之地，下令把中都部分宮殿拆除，取材移建大龍興寺，藉以表達(dá)衣錦還鄉(xiāng)的意圖。朱棣奪位后，又把建文帝諸子貶為庶人，并禁錮中都皇城內(nèi)。天順三年（1459年）又拆中書省、大都督府、御史臺等500余間建筑，重建龍興寺。此時，中都宮殿已僅存遺址，中央官署也僅存中都留守司了。但在禁垣東側(cè)卻陸續(xù)建了5所“高墻”，其“崇垣深壕，望樓敵臺，猶如郡縣城郭”，長年禁錮皇族宗室罪犯約300人左右。

“說鳳陽，道鳳陽，鳳陽本是好地方。自從出了個朱皇帝，十年倒有九年荒?！边@也許是清代地方政府為了貶低前明而鼓動民間傳唱的花鼓戲，但也很大程度的反映了鳳陽老百姓的疾苦。朱元璋的在家鄉(xiāng)大興土木只是為了自己的情結(jié)，而沒有給家鄉(xiāng)百姓帶來任何好處。鳳陽府由于土地貧瘠，年年多有逃荒者，再加上中都城作為皇族監(jiān)獄而戒備森嚴(yán)，到明代中后期，這里已是人煙稀少，一片頹敗了。

崇禎八年，“八大王”張獻(xiàn)忠率領(lǐng)的起義軍攻占鳳陽，發(fā)現(xiàn)這里仍關(guān)押著罪犯百余人。為了搗毀這一明王朝的龍興寶地，農(nóng)民起義軍的火把橫掃過后，中都城與皇陵遭到徹底的摧毀。入清以后，康熙六年（1667年），移鳳陽縣治入皇城內(nèi)。

乾隆二十年（1755年）拆中都城9門、禁垣及鐘樓基座等，取磚新建鳳陽府城。此后，中都城的其他建筑，有的改作它用，有的年久失修坍塌。到建國初期，中都城建筑僅剩皇城城墻?！拔母铩敝?，皇城又被拆除三分之二，橋梁被拆，金水河被填平，多段城墻僅存夯土遺址。