元代以后敦煌停止開窟，逐漸冷落荒廢。明嘉靖七年（1528年）封閉嘉峪關(guān)，使敦煌成為邊塞游牧之地。清康熙五十七年（1718）平定新疆，雍正元年（1723）在敦煌設(shè)沙州所，三年（1725）改沙州衛(wèi)，并從甘肅各州移民敦煌屯田，重修沙州城。乾隆二十五年（1760）改沙州衛(wèi)為敦煌縣，敦煌經(jīng)濟(jì)開始恢復(fù)。莫高窟開始被人們注意。

清光緒二十六年（1900）發(fā)現(xiàn)了震驚世界的藏經(jīng)洞。不幸的是，在晚清政府腐敗無能、西方列強(qiáng)侵略中國的特定歷史背景下，藏經(jīng)洞文物發(fā)現(xiàn)后不久，英人斯坦因、法人伯希和、日人橘瑞超、俄人鄂登堡等西方探險家接踵而至敦煌，以不公正的手段，從王道士手中騙取大量藏經(jīng)洞文物，致使藏經(jīng)洞文物慘遭劫掠，絕大部分不幸流散，分藏于英、法、俄、日等國的眾多公私收藏機(jī)構(gòu)，僅有少部分保存于國內(nèi)，造成中國文化史上的空前浩劫。

莫高窟壁畫

敦煌石窟藝術(shù)中數(shù)量最大，內(nèi)容最豐富的部分是壁畫，最廣泛的題材是尊像畫，即人們供奉的各種佛、菩薩、天王及其說法相等；佛經(jīng)故事畫，是以佛經(jīng)中各種故事完成的連環(huán)畫；經(jīng)變畫，是隋唐時期興起的大型經(jīng)變，綜合表現(xiàn)一部經(jīng)的整體內(nèi)容，宣揚(yáng)想象中的極樂世界；佛教史跡畫，表現(xiàn)佛教在印度、中亞、中國的傳說故事和歷史人物相結(jié)合的題材；供養(yǎng)人畫像，即開窟造像功德主的肖像，這是一部肖像史。

在莫高窟各個時代的壁畫中，有反映當(dāng)時的一些生產(chǎn)勞動場面、社會生活場景、衣冠服飾制度、古代建筑造型以及音樂、舞蹈、雜技的畫面，也記錄了中外文化交流的歷史事實，為研究4世紀(jì)到14世紀(jì)的中國古代社會提供了寶貴的資料。