其一，他不是前法老阿肯那吞的兒子，而是他的侄子。由于前法老阿肯那吞的王后只生下了6個女兒卻沒有兒子，所以有人猜測，她把自己的女兒許配給了阿肯那吞法老的侄兒，也就是圖坦卡蒙。其二，他就是前法老阿肯那吞的親生兒子。

有一些研究者認為，由于王后一直沒有生下兒子，阿肯那吞為了王室血統(tǒng)的純潔，便和別的女人生下了圖坦卡蒙。甚至還有人認為，這個女人很可能就是阿肯那吞已經長成的女兒之一。因此，圖坦卡蒙迎娶的，甚至可能是自己同父異母的親姐或自己的親阿姨。

這件發(fā)生在約3000年前的宮廷秘事的真相究竟是怎樣的，至今仍是眾說紛紜，沒能定論。如果可以對這些木乃伊做DNA測試的話，或許這個問題就可以迎刃而解了。2008年，埃及考古學家扎西·哈瓦斯(Zahi Hawass)開始對圖坦卡蒙身世進行研究，他希望從相關木乃伊上提取DNA，來弄清這位少年法老的身世及其過早離世的原因。

扎西·哈瓦斯的團隊利用DNA檢測技術對圖坦卡蒙本人以及長期以來一直被疑為其近親的10具十八王朝王室五代族譜。通過調查Y染色體中的共享序列，辨別出圖坦卡蒙的男性祖先群;再通過找尋特定男女(夫婦)的DNA混合跡象，從而確定木乃伊之間的直系親屬關系。DNA檢測證明，阿蒙霍特普三世是圖坦卡蒙的祖父，他在位37年期間古埃及空前繁榮，王國版圖北及幼發(fā)拉底河，南至尼羅河第四大瀑布。

DNA檢測還初步顯示，隨葬圖坦卡蒙的兩個流產胎兒其實是他和妻子埃赫森娜蒙王后所生的女兒。1932年經解剖學家確認，其中一名女嬰在母親子宮內5個月便夭折了。一具被叫做"老婦人"的木乃伊經DNA檢測證明是提耶王后，即圖坦卡蒙的祖母、阿蒙霍特普三世的妻子。另一具被叫做"年輕女士"的木乃伊則是圖坦卡蒙的生母。