其一，他不是前法老阿肯那吞的兒子，而是他的侄子。由于前法老阿肯那吞的王后只生下了6個(gè)女兒卻沒(méi)有兒子，所以有人猜測(cè)，她把自己的女兒許配給了阿肯那吞法老的侄兒，也就是圖坦卡蒙。其二，他就是前法老阿肯那吞的親生兒子。

有一些研究者認(rèn)為，由于王后一直沒(méi)有生下兒子，阿肯那吞為了王室血統(tǒng)的純潔，便和別的女人生下了圖坦卡蒙。甚至還有人認(rèn)為，這個(gè)女人很可能就是阿肯那吞已經(jīng)長(zhǎng)成的女兒之一。因此，圖坦卡蒙迎娶的，甚至可能是自己同父異母的親姐或自己的親阿姨。

這件發(fā)生在約3000年前的宮廷秘事的真相究竟是怎樣的，至今仍是眾說(shuō)紛紜，沒(méi)能定論。如果可以對(duì)這些木乃伊做DNA測(cè)試的話(huà)，或許這個(gè)問(wèn)題就可以迎刃而解了。2008年，埃及考古學(xué)家扎西·哈瓦斯(Zahi Hawass)開(kāi)始對(duì)圖坦卡蒙身世進(jìn)行研究，他希望從相關(guān)木乃伊上提取DNA，來(lái)弄清這位少年法老的身世及其過(guò)早離世的原因。

扎西·哈瓦斯的團(tuán)隊(duì)利用DNA檢測(cè)技術(shù)對(duì)圖坦卡蒙本人以及長(zhǎng)期以來(lái)一直被疑為其近親的10具十八王朝王室五代族譜。通過(guò)調(diào)查Y染色體中的共享序列，辨別出圖坦卡蒙的男性祖先群;再通過(guò)找尋特定男女(夫婦)的DNA混合跡象，從而確定木乃伊之間的直系親屬關(guān)系。DNA檢測(cè)證明，阿蒙霍特普三世是圖坦卡蒙的祖父，他在位37年期間古埃及空前繁榮，王國(guó)版圖北及幼發(fā)拉底河，南至尼羅河第四大瀑布。

DNA檢測(cè)還初步顯示，隨葬圖坦卡蒙的兩個(gè)流產(chǎn)胎兒其實(shí)是他和妻子埃赫森娜蒙王后所生的女兒。1932年經(jīng)解剖學(xué)家確認(rèn)，其中一名女?huà)朐谀赣H子宮內(nèi)5個(gè)月便夭折了。一具被叫做"老婦人"的木乃伊經(jīng)DNA檢測(cè)證明是提耶王后，即圖坦卡蒙的祖母、阿蒙霍特普三世的妻子。另一具被叫做"年輕女士"的木乃伊則是圖坦卡蒙的生母。